中科院查重是指利用中国科学院开发的查重系统进行文献查重，主要应用于学术论文、期刊等领域。其优势在于覆盖范围广，检测精准度高，受到学术界的认可。而知网查重是指利用知网开发的查重系统进行文献查重，主要应用于学术研究、论文发表等方面。知网查重的特点是速度快、操作简单，但覆盖范围相对较窄。因此，选择查重工具时需根据具体需求和使用习惯进行选择。

中科院查重和知网查重在查重原理、使用范围、检测速度等方面存在差异。中科院查重系统基于中国科学院的研究成果，对文献进行全面检测，精准度高；而知网查重系统则更注重速度和操作简便性，适用于一般学术论文查重。用户在选择查重工具时，应根据自身需求和研究领域的特点进行权衡，以达到更好的查重效果。